GTx-Genome Assembly

GTx-Genome Assembly™

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Reconstruction Précise de Génomes Complexes

Transformer des Séquences Fragmentées en Génomes Complets

GTx-Genome Assembly™ assure une reconstruction génomique de haute fidélité en assemblant les séquences brutes en génomes complets, contigus et annotés. Que ce soit pour des micro-organismes, des plantes ou des animaux, ce service permet aux chercheurs de révéler l'architecture génétique complète d'une espèce. Idéal pour les projets de séquençage de novo, la génomique comparative et les études évolutives, il prend en charge des applications en aval telles que la découverte de gènes, l'analyse de variants et l'annotation fonctionnelle, garantissant ainsi une base génomique solide pour la recherche et le développement dans les domaines de la santé, de l'agriculture et des sciences environnementales.

Applications:

Génomique comparative et études évolutives
Identification et caractérisation de nouveaux gènes et éléments fonctionnels
Étude des variations génétiques et des mutations pathogènes
Développement de ressources génétiques pour l’amélioration des cultures et l’élevage
Génomique microbienne
Génomique environnementale

Caractéristiques principales :

Assemblage de génomes : Reconstruit des génomes à partir du séquençage de nouvelle et troisième génération pour des séquences contiguës et précises.
Prétraitement des Données : Contrôle qualité, élimination des séquences de faible qualité, suppression des artefacts et filtrage des contaminants pour garantir des données fiables.
Assemblage de novo : Reconstruit des génomes sans séquence de référence, permettant d’étudier des organismes nouveaux ou peu connus.
Assemblage Guidé par Référence : Utilise des séquences génomiques existantes comme cadre de référence pour aligner les séquences, permettant une détection rapide et précise de divers types de variants, notamment les variants mononucléotidiques (SNV) et les variations du nombre de copies (CNV).
Annotation Complète : Identifie les gènes, les ARN non codants, les séquences répétées, les éléments transposables et les variants structuraux grâce à des algorithmes avancés et des données transcriptomiques.
Annotation Fonctionnelle : Attribue une signification biologique aux éléments génomiques, notamment les fonctions des gènes, les domaines protéiques, les voies métaboliques et les éléments régulateurs.
Évaluation de la Qualité : Analyse la contiguïté, la couverture, l’exhaustivité et l’exactitude des données pour garantir des résultats fiables.
Génomique Comparative : Détecte les régions conservées, les familles de gènes et les relations évolutives entre les espèces.
Visualisation et Interprétation : Propose des navigateurs de génomes, des graphiques interactifs et des rapports détaillés pour une exploration aisée et des informations exploitables.