Profilage Complet du Microbiome du Lait
L’Analyse du Microbiome au Service de la Santé des Troupeaux
GTx-Milk fournit aux éleveurs, vétérinaires, responsables de troupeaux ainsi qu’aux chercheurs et scientifiques de l’industrie laitière des informations exploitables sur le microbiome. Ces données permettent la détection anticipée des mammites, la réduction des récidives, l’amélioration des stratégies de traitement et la préservation de le rendement à long terme du troupeau.
Sample Requirements:
- Type D’Échantillon : Lait alvéolaire, généralement prélevé en fin de traite. Les échantillons peuvent être composites (mélange de lait provenant de tous les quartiers) ou prélevés par quartier, chaque quartier correspondant à une section distincte de la mamelle
- Volume : Environ 5 à 10 mL pour le lait alvéolaire ou 15 à 20 mL pour un échantillon de lait
- Procédure de Prélèvement : Conditions d’asepsie strictes requises. Les premiers jets de lait sont éliminés et l’extrémité des trayons est soigneusement désinfectée (par exemple avec de l’éthanol à 70 %)
- Conservation : Les échantillons doivent être immédiatement transportés et conservés à basse température (−20 °C ou −80 °C) jusqu’à l’extraction de l’AND
Caractéristiques principales :
- Analyse du Microbiome du Lait à Haute Résolution : Profilage à haut débit des communautés bactériennes par séquençage métagénomique 16S rRNA et shotgun, fournissant des informations détaillées sur la composition microbienne ainsi que sur les facteurs de virulence, de résistance aux antibiotiques et les activités métaboliques
- Stratification des Stades de la Mammite : Distinction précise entre les états sain, subclinique, clinique et récurrent afin de permettre un diagnostic et un suivi adaptés
- Détection Précoce des Mammites Subcliniques : Identification des altérations microbiennes chez les animaux asymptomatiques, permettant une intervention avant la diminution du rendement
- Identification Des Pathogènes et Marqueurs Spécifiques : Détection des espèces, genres et signatures microbiennes associés à la susceptibilité à la mammite ou à un état de santé normal
- Informations Sur la Virulence et la Résistance Aux Antibiotiques : Analyse des gènes de virulence (GFV) et des gènes de résistance aux antibiotiques (GRA), associés à la sévérité de la maladie, aux échecs thérapeutiques et aux récidives
- Analyse Fonctionnelle du Microbiome : Prédiction des voies métaboliques et fonctions altérées au cours de la progression de la maladie, notamment le métabolisme des nutriments et des glucides (ex. cycle de Krebs)
- Bioinformatique et Bases de Données Avancées : Utilisation de pipelines validés et de bases de données de référence (VFDB, ResFinder, KEGG/SEED) pour une interprétation robuste et pertinente
- Quantification Absolue Optionnelle : Intégration de la cytométrie en flux permettant de convertir les abondances relatives en comptages bactériens absolus pour un suivi longitudinal plus précis
- Approches de Séquençage Flexibles : Prise en charge du séquençage ciblé (16S/ITS) et du séquençage shotgun du métagénome entier selon les objectifs de l’étude
- Rapports Exploitables : Transformation des données complexes du microbiome en informations claires et interprétables pour les vétérinaires, chercheurs et éleveurs
Quelles sont les étapes?
Étape 1 : Prélèvement des échantillons
- Le lait alvéolaire est prélevé de manière aseptique en fin de traite (échantillons composites ou par quartier).
- Les échantillons sont immédiatement réfrigérés afin de préserver l’intégrité de l’ADN microbien.
Étape 2 : Extraction D’ADN
- Isolement de l’ADN microbien.
- Optimisé pour une pureté et un rendement élevés.
Étape 3 : Séquençage Complet du Métagénome / Métagénomique ciblée
- Séquençage microbien complet ou ciblé.
- Identification des organismes clés et des marqueurs fonctionnels.
Étape 4 : Analyse des Données
- Utilisation d’outils bioinformatiques avancés pour une meilleure compréhension des communautés microbiennes
- Assesses quality, safety, and performance indicators.
Étape 5 : Rapport Personnalisé
- Résultats clairs et exploitables, adaptés à votre système de production.
- Facilite la prise de décisions éclairées en matière de qualité et de productivité.
Découvrez les Spécificités du Microbiome du Lait
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